寵物凍乾食品通常在製作過程中經過特殊處理，以減少或消除其中的細菌和其他微生物。凍乾是將食物冷凍至極低溫，然後通過減壓將水分直接蒸發的過程。

這樣的處理方式可以有效保持食物的營養成分並且延長保存期限，同時也有助於減少微生物的生長。

然而，雖然凍乾食品能大大降低細菌的風險，但並不意味著它完全不含細菌。若在製作過程中操作不當、原材料不新鮮或保存不當，仍然有可能存在某些細菌或病原微生物。
因此，選擇高品質品牌並確保食品儲存得當（例如，避免高溫潮濕環境）是很重要的。
此外，某些寵物凍乾食品（如肉類類型）仍然可能含有一定量的細菌，如沙門氏菌或大腸桿菌，這是因為某些食材本身就可能帶有細菌。因此，在餵食凍乾食品時，建議注意衛生，定期清洗食碗和雙手，避免交叉污染。